Els Pingüins de Madagascar és un derivat de les pel·lícules de Madagascar, que té lloc després dels esdeveniments de la segona. La sèrie segueix les aventures de quatre pingüins: Capità (Skipper), Kowalski, Recluta (Private) i Rico, que realitzen diverses missions per protegir la seva llar al Zoo de Central Park. Els enemics dels pingüins que oposen resistència a les seves missions són un trio de lèmurs: Julien i Mort i Maurice, que creuen que Julien és el rei del zoo.
Tot i que no se sap com els pingüins i els lèmurs van arribar al zoo després de les aventures de les pel·lícules de Madagascar, a l'inici de cada capítol es veuen els pingüins obrint un contenidor amb "Madagascar" escrit que conté els tres lèmurs. És possible que la tercera pel·lícula de Madagascar reveli més detalls, ja que el Director General de DreamWorks Jeffrey Katzenberg ha dit que "hi haurà com a mínim una continuació. Volem veure els personatges tornar a Nova York."
Més informació a la Wiki en català
Més informació a S3